Incidente 
No módulo Administração de pessoal ao acessar a tela de consulta pendencias o S-1200 se encontra  com a situação: Aguardando exclusão evento S-1210:

Causa
Essa situação ocorre pois existe um S-3000 do S-1210 na tela de consulta pendências e precisa ser enviado. 
 
Solução
Para que a mensagem não seja apresentada ao enviar o S-1200, realize os passos a seguir:
1. Acesse a tela de Consulta Pendencias em eSocial / Consulta Pendências:

 
2. Pesquise pelo Leiaute S-3000 e clique em Mostrar:

3. Selecione o S-3000 referente a exclusão do S-1210 e clique em Enviar:

 
4. Aguarde uns minutos e o S-1200 será enviado com sucesso.

Atenção! Antes de realizar qualquer alteração, analise o impacto que poderá ter em outros lançamentos/processos do sistema.