Colaborador possui vínculo em duas empresas do sistema, porém uma é filial da outra. 

Cliente utiliza base descentralizada.

Ao gerar o relatório S-5001, soma o valor de INSS dos dois contratos.

Rotina / Tela:

e-Social > Eventos Periódicos > Arquivos de Retorno > Modelo 001 - S-5001 - Contribuições sociais por trabalhador (FPAR001.ESO).

Quando trata-se de base descentralizada, o relatório S-5001 quando listado de forma Sintética, realmente apresenta a informação dos dois contratos. 

Está correto o comportamento do modelo, pois ele soma a base da Matriz e da Filial.