Solução
Para gerar e enviar o S-1005 ao eSocial, realize os passos a seguir:
1. Acesse o módulo Administração de Pessoal, clique Empresas / Filiais / Cadastro;

Observação

Clique aqui para consultar a Emissão do Comprovante de Inscrição e Situação Cadastral - Cartão CNPJ.

1.1. Acesse a aba RAIS, e preencha o campo Inicio Atividades, conforme definido no cartão CNPJ:

2. Todas as demais abas do cadastro da Filial devem ter preenchimento de histórico com a Data Alteração e Competência igual a data de Início Atividades;
Importante 
Na aba FGTS, quando a filial é tipo Obra, o Código Recolhimento FGTS deve ser 155 - Obra de Construção Civil.
3. Acesse Empresas / Filiais / Filiais x Estabelecimentos/Operador Portuário;
3.1. Clique no rodapé da página na opção 1 - Gerar ou 2 - Complementar, a que estiver habilitada:

4. Acesse eSocial / Gerar Tabelas / S-1005 e processe o leiaute para envio;
5. Acesse eSocial / Consulta Pendências, caso o leiaute esteja para envio manual, envie o mesmo.
 
Atenção! Antes de realizar qualquer alteração, analise o impacto que poderá ter em outros lançamentos/processos do sistema.