Como podemos te ajudar?

O sistema provisiona em cima de uma base definida, mas ainda não conhece quanto vai pagar efetivamente. Quando chega no mês do pagamento/baixa, passa a conhecer exatamente qual é o valor correto da base, pois ocorreu o pagamento ao colaborador, desta forma ele utiliza o valor da baixa como base, para provisionar o mês e os impostos.
Neste caso ao consultar as bases, não serão mostrados eventos, pois ela foi baseada no pagamento.
Ou seja, é um comportamento nativo do sistema.
Observação
Sobre o fato de Base de Cálculo ser diferente do valor pago, a ideia é que elas sejam as mesmas e não diferente. O que importará realmente é o valor pago, visto que a base não é contabilizada e sim a provisão do mês que acumula formando o saldo e as baixas propriamente ditas.