Conforme o Art.4° da Portaria 41, o empregador poderá efetuar o registro de empregados em sistema informatizado que garanta a segurança, inviolabilidade, manutenção e conservação das informações e que:

I - mantenha registro individual em relação a cada empregado; 

II - mantenha registro ORIGINAL, individualizado por empregado, acrescentando-lhe as retificações ou averbações, quando for o caso;

Complementando, nos livros referente a legislação Trabalhista, como por exemplo do Autor José Season no livro Rotinas Trabalhistas:

Os procedimentos administrativos, para transferência de trabalhadores entre empresas do mesmo grupo econômico ou entre estabelecimentos da mesma empresa, deverão ser os seguintes:

a) Livro ou Ficha de Registro na Carteira de Trabalho

a.1) Na parte destinada a Observações da ficha ou folha do Livro de Registro (da empresa/estabelecimento cedente), bem como, na parte reservada a Anotações Gerais da CTPS do empregado, fazer a a seguinte anotação: o empregado foi transferido do CNPJ .... para o CNPJ ...., na data de ..., onde terá o número de registro ..., mantendo-se todos os direitos já adquiridos pelo trabalhador.

...

a.3) No local onde o empregado irá trabalhar, abre-se nova ficha de registro ou folha do livro, se for o caso, transcorrendo-se os dados da anterior e lançando-se a mesma anotação em Observações: O empregado foi transferido do CNPJ ..., na data ....., onde estava registrado sob nº ......, mantendo-se todos os direitos já adquiridos pelo trabalhador.

Ainda conforme página 33 do Livro Rotinas Trabalhistas de José Searsson, item 06:

O registro deve ser mantido permanente atualizados nos seus itens dinâmicos: férias, alteração salarial, mudança de cargo, de horário; anota-se também a opção retroativa do FGTS;

Ou seja, os dados contratuais não podem ser substituídos pelos da nova filial pois estaríamos violando a informação original do colaborador (Inclusive os dados contratuais constam na carteira de trabalho do mesmo).

Sobre as informações das transferências, o sistema possui tratamento via histórico de anotações. 

Devemos pensar como se fosse fazer o registro manualmente e não eletrônico na Carteira de Trabalho, onde não vamos rasurar o Empregador sempre que o colaborador for transferido, e sim fazer uma anotação de transferência.

Porém, caso desejar, podemos direcionar este assunto para nossa área de Produto analisar a possibilidade de incluir um campo na tela de entrada no modelo que o empregador possa escolher se deseja que seja listado um parágrafo a mais com informação da nova filial, sem excluir os dados contratuais.

Se o cliente tem necessidade de listar a Ficha Registro com as informações da filial atual na seção Empregador, possuímos o relatório 003 listado em Colaboradores > Ficha registro > Listar (FPFR003.COL). Lembrando que deverá informar no cadastro da empresa (Menu: Empresas/Empresas), no campo 'Ordenação Ficha de Registro' a opção '2 - Descendente'. Dessa forma o sistema irá listar o relatório conforme desejado. 

Vale ressaltar que a seção 'Histórico Contratual' sempre irá listar os dados admissionais do colaborador (cargo, horário/escala, local, etc.), independente da opção informada no campo 'Ordenação Ficha de Registro'.