Problema: Ao listar o relatório Ficha de Anotações e Atualizações da CTPS - modelo FPFR002.COL, alguns afastamentos não estão sendo considerados, como por exemplo, a situação de Auxílio Doença.

Existe algum tipo de filtro interno neste relatório para considerar ou não uma situação?

Quando ocorre / onde se aplica: Ao gerar o Relatório Ficha de Anotações e Atualizações da CTPS - Modelo FPFR002.COL, disponível em Colaboradores > Ficha Registro > Listar.
Solução: O Administração de Pessoal obedece a Portaria 41, qualquer entendimento diferenciado deve ser tratado à parte pelo cliente, conforme o seu entendimento. Sendo assim, é possível alterar o campo Ficha Registro, disponível na tela de cadastro das Situações, em Tabelas > Gerais > Situações, indicando N ou S, parametrizando conforme a necessidade.

Art. 2º O registro de empregados de que trata o art. 41 da CLT conterá as seguintes informações:
I - nome do empregado, data de nascimento, filiação, nacionalidade e naturalidade;
II - número e série da Carteira de Trabalho e Previdência Social - CTPS;
III - número de identificação do cadastro no Programa de Integração Social - PIS ou no Programa de Formação do Patrimônio do Serviço Público - PASEP;
IV - data de admissão;
V - cargo e função;
VI - remuneração;
VII - jornada de trabalho;
VIII - férias; e
IX - acidente do trabalho e doenças profissionais, quando houver.

Parágrafo único. O registro de empregado deverá estar atualizado e obedecer à numeração seqüencial por estabelecimento.