Dúvida
Qual cálculo o sistema realiza para encontrar avos indenizados e proporcionais de 13º na rescisão, no módulo Administração de Pessoal?

Solução
O Administração de Pessoal calculará avos referentes a 13º Salário Proporcional e 13º Salário Indenizado, de acordo com o cadastro da Causa de Demissão em questão.
Caso na causa demissão esteja configurado para que a contagem do aviso prévio inicie no dia seguinte a data de demissão, o sistema efetuará a contagem dos avos conforme exemplos abaixo:

Data de demissão 10/04/AAAA + 90 dias de Aviso Prévio
13º Proporcional: 3/12 avos referentes aos meses de Janeiro, Fevereiro e Março, visto que em Abril o colaborador não trabalhou 15 dias ou mais.
13º Indenizado: 3/12 avos referentes aos meses de Abril, Maio e Junho, visto que o Aviso Prévio Indenizado será considerado de 11/04 a 09/07/AAAA.

Data de demissão 15/04/AAAA + 90 dias de Aviso Prévio.
13º Proporcional: 4/12 avos referentes aos meses de Janeiro, Fevereiro, Março e Abril, visto que em Abril o colaborador possui 15 dias trabalhados.
13º Indenizado: 2/12 avos referentes aos meses de Maio e Junho, visto que o Aviso Prévio Indenizado será considerado de 16/04 a 14/07/AAAA.

Data de demissão 16/04/AAAA + 90 dias de Aviso Prévio
13º Proporcional: 4/12 avos referentes aos meses de Janeiro, Fevereiro, Março e Abril, visto que em Abril o colaborador possui 15 dias de trabalhados.
13º Indenizado: 3/12 avos referentes aos meses de Maio, Junho e Julho, visto que o Aviso Prévio Indenizado será considerado de 17/04 a 15/07/AAAA.

O sistema sempre irá considerar a data de início da contagem do Aviso Prévio para calcular os avos de 13º Salário Proporcionais e Indenizados. 
Ou seja, os 90 dias de aviso prévio indenizado serão projetados de acordo com a configuração existente no cadastro da Causa de Demissão, em Tabelas / Motivos / Causas Demissão, campo Contagem Aviso Prévio, iniciando a contagem no dia da demissão, no dia posterior ou no primeiro dia útil posterior, seguindo a mesma linha de raciocínio dos exemplos acima.

Por este motivo, não calculará sempre 3 avos indenizados (considerando os 3 meses dos 90 dias indenizados).