Incidente
No módulo Administração de Pessoal, ao gerar o modelo (FPCB001.CTB) Contabilização, os valores de Débito e Crédito não conferem quando gerados pela Ordenação Centro de Custo e confrontados com outro gerado com a ordenação Rateio.

Causa
Este incidente ocorre, pois possivelmente a diferença está nos CLC´s de Ajustes de Provisão.
Como o CLC de ajuste pode ser tanto um valor positivo quanto um valor negativo, dependendo da forma de agrupamento destes valores (por centro de custo ou rateio) o resultado poderá ser diferente.
Isto está relacionado com a quebra das informações nos relatórios.
Segue abaixo um exemplo da situação, onde os lançamentos estão todos corretos, porém o resultado final fica diferente, evidenciando a situação.

Exemplo:
Funcionária: Maria
Centro de Custo: 1
Rateio: 1
Ajuste de Provisão de Férias 15,00 - (positivo)

Funcionário: João
Centro de custo: 2
Rateios: 1 e 2
Ajuste de Provisão de Férias - 20,00 - (negativo)
Rateio 1 - 10,00 negativo
Rateio 2 - 10,00 negativo

Listando o relatório contábil por RATEIO

Rateio 1

CLC 1226 - 5,00 Débito (+15,00 (Maria) - 10,00 (João) = 5,00)
CLC 1326 - 5,00 Crédito

Rateio 2

CLC 1226 - 10,00 - Crédito (-10,00 João) (inverteu o lançamento para crédito porque é negativo)
CLC 1326 - 10,00 - Débito

Totais:
Débito: 15,00
Crédito: 15,00

Listando o relatório contábil por CENTRO DE CUSTO
Centro de Custo 1

CLC 1226 - 15,00 Débito
CLC 1326 - 15,00 Crédito

Centro de Custo 2

CLC 1226 - 20,00 Crédito (inverteu o lançamento para crédito porque é negativo)
CLC 1326 - 20,00 Débito (inverteu o lançamento para débito porque é negativo)

Totais:
Débito: 35,00
Crédito: 35,00

Observação
Portanto, se o Total Geral de Débitos e Créditos dos Relatórios Contábeis por Rateio e por Centro de Custo ficam diferentes, não significa que há algum erro entre eles. Deve ser observada esta questão do ajuste negativo e positivo.