Problema: Está correto, no processo de transferência dos Colaboradores de Empresa/Filial X para Empresa/Filial Y, não aparecer nos relatórios de Ficha Registro e atualização de CTPS, as alterações de históricos ocorridos na Filial de Origem dos Colaboradores? Sendo que os demais históricos aparecem?

Quando ocorre / onde se aplica: Ocorre no processo de transferência de colaboradores. Colaboradores > Históricos > Filial.
Solução: No Administração de Pessoal, é demonstrado todo o período nos demais históricos porque eles constam na nova Empresa, já que ela assume todos os encargos trabalhistas da anterior.
Porém, os históricos de Filiais anteriores não pertencem a esta Empresa/Filial, e se demonstrados poderiam confundir-se inclusive, com as filiais da Empresa atual.

Se lembrarmos da Ficha Registro papel antiga, também seria assim, a nova Empresa iniciaria com uma numeração própria dela e com os dados a partir desta data, e a Empresa antiga enviaria uma cópia da Ficha Registro anterior para que se pudesse ver o passado. Como tudo está no Administração de Pessoal, ele consegue mostrar o passado nos outros históricos, mas as filiais anteriores não pertencem à Empresa atual.