Problema: No Help não está muito claro qual a forma de compensação que o sistema realizará quando há uma programação.

Quando ocorre / onde se aplica: Cálculos > Banco de Horas > Compensação Programada.
Solução: Solução 12262. A rotina de compensação programada, funciona da seguinte forma:

Nativamente, caso não esteja usando ordem de compensação de situações, a rotina sempre busca o lançamento mais antigo de sinal contrário para compensar, é em ordem cronológica. A rotina de compensação programada serve para informar ao sistema que a compensação não deve ocorrer conforme ordem cronológica dos lançamentos, mas sim de acordo com as datas da programação que foi efetuada.

Exemplo:
DATA        SINAL   QTDE    SALDO
01/01/2014    +     1:00    +1:00
02/01/2014    +     1:00    +2:00
03/01/2014    +     1:00    +3:00
04/01/2014    +     1:00    +4:00
05/01/2014    -     1:00    +3:00  => Este lançamento é usado para compensar o lançamento de 01/01/2014 (ordem cronológica)

Caso a empresa queira que o lançamento do dia 05 seja usado para compensar o do dia 03 ao invés do dia 01, bastaria cadastrar uma programação de compensação programada da seguinte forma:

Inicio de crédito: 03/01/2014
Inicio de débito:  05/01/2014
Fim Crédito: 03/01/2014
Fim Débito:  05/01/2014

Ficaria assim:

Exemplo:
DATA        SINAL   QTDE    SALDO
01/01/2014    +     1:00    +1:00
02/01/2014    +     1:00    +2:00
03/01/2014    +     1:00    +3:00
04/01/2014    +     1:00    +4:00
05/01/2014    -     1:00    +3:00  => Este lançamento é usado para compensar o lançamento de 03/01/2014 (conforme compensação programada).