Dúvida
Quanto a condição de pagamento, os vencimentos vão contar a partir do dia da pré-fatura ou da data da emissão da nota, no módulo de Mercado?

Solução
A pré-fatura nada mais é do que um espelho da NF, ou seja, a NF será gerada com os dados da pré-fatura, logo, os cálculos são feitos na pré-fatura e carregados para a NF, ou seja, será gerado com base na emissão da pré-fatura.

Observação: 
Para alterar esse conceito, pode alterar o vencimento utilizando um dos Identificadores de Regras, acesse aqui o Portal de Documentação Senior, pesquise "Identificador de Regra" e localize a documentação sobre esta rotina.