Incidente
Ao integrar um CT-e é apresentada a mensagem Data Embarque de Linha de Cálculo deverá ser menor ou igual a Data de Emissão de Fatura:

Causa
A mensagem é apresentada, pois a data de embarque é pertinente a data de emissão do CT-e, e essa data é maior que a data de emissão da fatura.
Solução
Para que a mensagem não seja apresentada, ajuste a data de embarque da nota fiscal ou a data de emissão da Fatura, de acordo com a data de emissão do CT-e que está tentando integrar ao sistema.