Incidente
No módulo Gestão de Tributos, ao realizar a integração dos títulos na tela F660IFI e clicar em Apl. Selecio. os registros que já estavam marcados são desmarcados indevidamente conforme demonstrado abaixo:

Registro listado na tela e clique em Marcar:

Logo após clique em Apl. Selecio e o sistema desmarca os registros:

Causa
Este incidente ocorre, pois na tela F055PPF para o imposto tipo 41-PIS não existe a informação do fornecedor na Grid vinculada a transação do financeiro:

E para tipo 45-COFINS existe a informação do fornecedor na Grid vinculada a transação do financeiro:

Solução
Para que o incidente não ocorra ao efetuar a integração, realize os passos a seguir:

1. Acesse a tela F055PPF - Cadastros / Controladoria / Tributos / Base imposto Liga Filial , e deixe a parametrização igual para os 2 impostos, retire o código do fornecedor do tipo 42-COFINS, ou inclua no 41-PIS.