Incidente
No módulo de Custos, na tela F621APC_UCFPCOM - Custos / Gestão de Preço para Comércio / Formação de Preços / Para Comércio e Atacado / Cálculo de Preço de Venda (Cálculo do Preço de Venda para Comércio), ao realizar o cálculo do preço de venda, observamos que o campo Vlr. Venda (Des. Ope.) não reflete os valores calculados manualmente para conferência.

Observação
Exemplo:

O preço de Custo do produto é de 15,00.

Os impostos:
ICMS - 12
PIS - 1,65
COFINS - 7,6

Fazendo o cálculo com base nas informações acima:
15-12% = 1,8 ICMS
15-1,65% = 0,2475 PIS
15-7,6% = 1,14 COFINS
SOMA = 3,1875

Preço de Custo - soma dos impostos =
15,00 - 3,1875 = 11,812.

Mas o valor que o sistema traz hoje é de 11,979.

Levando esse valor de 11,979 em conta, o preço de venda está correto.

Mas o problema é que esse valor de 11,979 não parece estar correto, ou talvez não estamos conseguindo ver o que está incidindo para deixar o valor maior do que deveria
 

Causa
Essa situação ocorre porque não está descontando o valor do ICMS do valor base.

De acordo com nova legislação Brasileira, o cálculo não está correto, porque aplicou os percentuais de PIS/COFINS sobre o valor cheio (R$15,00), quando deveria aplicar sobre R$13,20 (já descontado o ICMS).
Isso está alinhado com a legislação tributária brasileira, onde o ICMS não compõe a base de cálculo do PIS e COFINS no regime não-cumulativo (créditos).

Importante
O cálculo correto é:

ICMS: ○ 15 × 12% = R$ 1,80
○ Base PIS/COFINS: 15 - 1,80 = R$ 13,20
○ PIS: 13,20 × 1,65% = R$ 0,2178
○ COFINS: 13,20 × 7,6% = R$ 1,0032
○ Custo Líquido: 15,00 - 1,80 - 0,2178 - 1,0032 = R$ 11,979