Problema: O módulo de custos soma o valor do saldo inicial ao valor da produção acabada e considera como entrada no estoque.

Pergunto: o cálculo é esse mesmo?

Obs.: a forma de apuração dos valores é por processo.
Solução: Solução 12672: Verificado que o sistema realmente deve somar o Saldo Inicial ao Produção Acabada para gerar o valor das Entradas no Estoque.
O Saldo Inicial seria o valor dos produtos que ficaram em processo no período anterior. Portanto, sendo eles concluídos no período atual o sistema deve transferir esse valor para o estoque, por isso, esse valor é agregado as Entradas no Estoque.

Falando num caso prático:

Imagine que temos uma OP que consumiu 1000,00 reais de materiais e que foi finalizada parte desta OP no período de novembro, o equivalente a 900,00 ficando em processo 100,00.
Imagine agora que o saldo em processo desta OP foi finalizada em dezembro.

Na Apuração de Dezembro você já entra com um saldo inicial de 100,00 que deve ser dado entrada no estoque neste período visto que o saldo da OP foi finalizado neste período. Portanto, o valor das Entradas no estoque será a movimentação ocorrida para outras OPs neste período mais o saldo desta OP que estava no saldo inicial.