Se consultar o botão Origens, trazia as bases corretamente.

Para encontrar a diferença, realizamos um comando via banco de dados conforme exemplo abaixo:

select
codemp, codbem, datmov, vlrbpr as base_pis, vlrbcr as base_cofins
from
e670mov
where
datmov >='01/12/2014' and
datmov <='31/12/2014' and
codtns = '90815' and
codemp = 1 and
codfil = 1 and
vlrbpr <> vlrbcr

OU

select
codemp, codbem, datmov, vlrbpr as base_pis, vlrbcr as base_cofins
from
e670mov
where
datmov >=TO_DATE('01/12/2014','DD/MM/YYYY') and
datmov <=TO_DATE('31/12/2014','DD/MM/YYYY') and
codtns = '90815' and
codemp = 1 and
codfil = 1 and
vlrbpr <> vlrbcr


Com isso foi possível identificar que alguns bens estavam diferentes a base de calculo do PIS, pois no cadastro do bem F670BEM, aba Fiscal estava indicando que Não recupera o PIS, somente indicava que Recupera o COFINS.
Então, excluir apuração do PIS e COFINS em Tributos;
Excluir a depreciação dos bens referente ao período;
Ajustar os bens;
Gerar novamente a depreciação e após realizar apuração dos impostos.