Incidente
No módulo Gestão de Tributos, ao apurar os impostos 41 e 42 no regime Não Cumulativo, não esta sendo apresentado os valores correspondente ao estorno de créditos referente à perda de estoque.
 
Causa
Este incidente pode estar relacionado a falta de informações, como dispositivo no documento fiscal ou ao campo Ajustes na apuração. 
 
Solução
Para que este incidente não ocorra, siga o passo a passo a seguir:
 

1. Acesse a tela F051DIS - Cadastros / Controladoria / Tributos / Dispositivos fiscais, cadastre dispositivo para uso do PIS e COFINS com as seguintes características:

• Aplicação igual a '2' - SPED;
• Associar a Documento informe 'S'-Sim ou 'N'-Não (Se não existir documento fiscal);
• Ajuste SPED Pis/Cofins igual a 06 - Estorno:

 

 
2. Na tela F660NFV - Controladoria / Gestão de Tributos / Escrituração / Lançamentos / Nota Fiscal de Saída, aba Itens, clique no botão Disp. Fiscal e informe na tela F660DIS os dispositivos cadastrados e suas respectivas informações:

 
Importante: 

A NF deverá ser escriturada com CST de PIS e COFINS igual a 49 e não poderá ter valores referentes a PIS e COFINS, pois estes estarão sendo estornados através do ajuste.
 
3. Para que o documento fiscal seja listado no registro C100, cadastre na tela F053FFB - Cadastros / Controladoria / Tributos / Base Faturamento / Bruto a transação utilizada no documento, informando em todos os campos 'N' Nenhum:

 
4. Apure o faturamento da competência pela tela F667AFM - Controladoria / Gestão de Tributos / Operações e Cálculos Fiscais / Apuração de Faturamento / Empresa:

 
5. Acesse a tela F661PAI- Controladoria / Gestão de Tributos / Operações e Cálculos Fiscais / Cálculos / Apuração, na apuração dos impostos 41 e 42, aba Créditos, clique sobre o botão Ajustes e informe o dispositivo fiscal e demais campos, após processe a apuração:
 

 
5.1. Os valores serão indicados em Ajustes de Redução:
 

 
6. Através da tela F669SPC - Controladoria / Gestão de Tributos / Arquivos Fiscais / Federais / SPED Contribuições, gere o Sped Contribuições da competência:
 

 

Observação:
A orientação do fisco é que as perdas do estoque devem ser apresentadas de forma semelhante as devoluções, conforme Perguntas e Respostas do SPED:
 
68)Como lançar o estorno de créditos referente à perda de estoque?
O art. 3º, § 13, da Lei 10.833, de 2003, estabelece que: “Deverá ser estornado o crédito da COFINS relativo a bens adquiridos para revenda ou utilizados como insumos na prestação de serviços e na produção ou fabricação de bens ou produtos destinados à venda, que tenham sido furtados ou roubados, inutilizados ou deteriorados, destruídos em sinistro ou, ainda, empregados em outros produtos que tenham tido a mesma destinação.” Aplica-se o dispositivo supra citado ao PIS, Lei 10.637 de 2002, pelo disposto no art. 15 da Lei 10.833, de 2003. Desta forma, o contribuinte deve proceder de maneira análoga ao procedimento de escrituração de uma devolução de compra, conforme pergunta 62).
 
62)Como informar uma devolução de compra na EFDCONTRIBUIÇÕES?
As notas fiscais relativas às devoluções de compras, referentes a operações de aquisição com crédito da não cumulatividade, devem ser escriturados pela pessoa jurídica, no mês da devolução, e os valores dos créditos correspondentes a serem anulados/estornados, devem ser informados preferencialmente mediante ajuste na base de cálculo da compra dos referidos bens, seja nos registros C100/C170 (informação individualizada), seja nos registros C190 e filhos (informação consolidada). Caso não seja possível proceder estes ajustes diretamente no bloco C, a pessoa jurídica poderá proceder aos ajustes diretamente no bloco M, nos respectivos campos (campo 10 dos registros M100 e M500) e o detalhamento nos registros de ajustes de crédito (M110 e M510). Neste último caso, deverá utilizar o campo “NUM_DOC” e “DESCR_AJ” para relacionar as notas fiscais de devolução, como ajuste de redução de crédito. Por se referir a uma operação de saída, a devolução de compra deve ser escriturada com o CST 49.