Dúvida
Por qual motivo não é indicado fazer a contabilização do PIS e COFINS via nota, no módulo Gestão de Contabilidade?
 
Solução
Segue uma explicação com os motivos pelo qual não recomendamos realizar a contabilização do PIS e COFINS pela nota.
 
1. Na apuração do PIS e COFINS o crédito do imposto é calculado com base no método de rateio proporcional.
Diante deste método, nem sempre o valor de PIS e COFINS existentes nos documentos de entrada é o valor que será considerado como crédito;

1.1. Vamos ao seguinte exemplo:
Na filial 02 existem 2 notas fiscais no valor de R$ 1.000,00, sendo uma de entrada e outra de saída:

NF Entrada:
Base de Cálculo: 1.000,00
Valor de PIS: 16,50
Valor de COFINS: 76,00

NF Saída:
Base de Cálculo: 1.000,00  (Regime Não Cumulativo 1,65% e 7,6%)
Valor de PIS:    16,50
Valor de COFINS: 76,00

Já na Matriz existem 2 notas fiscais de saída, onde uma possui um produto do regime não cumulativo e na outra um produto do regime cumulativo:

NF Saída:
Base de Cálculo: 1.000,00  (Regime Não Cumulativo 1,65% e 7,6%)
Valor de PIS: 16,50
Valor de COFINS: 76,00

NF Saída:
Base de Cálculo: 1.000,00  (Regime Cumulativo 0,65% e 3,00%)
Valor de PIS: 6,50
Valor de COFINS: 30,00

Ao realizar a apuração do PIS (imposto 41), por exemplo, o sistema irá realizar o método do rateio proporcional baseando-se nas movimentações das duas filiais.
Assim, o sistema irá ratear o crédito com base nas operações de saída da empresa (cumulativo ou não cumulativo) usando uma Matriz de Crédito que se baseia nas receitas:

Receita Total das Filiais = 3.000,00 - 100%
Receita Não Cumulativa = 2.000,00 -  75%
Receita Cumulativa = 1.000,00 -  25%

No nosso exemplo temos um crédito de PIS de 16,50 gerado pela nota de entrada da filial 02, porém a apuração irá fazer a proporção do crédito de acordo com o percentual de receitas não cumulativas de todas as filiais e Matriz, gerando um valor de crédito de apenas 12,38. Onde:

16,50 * 75% (Receita não cumulativa) = 12,38.

Esse seria um dos exemplos em que a contabilização filial a filial seria comprometida, pois o cálculo baseia-se nas movimentações de todas as filiais de forma centralizada e na contabilização movimento a movimento estaria registrado um lançamento contábil de 16,50, quando na verdade do imposto a se recuperar será apenas de 12,38;
 
 
2. A contabilização movimento a movimento irá gerar problemas de arredondamento quando comparado o saldo contábil com o valor do imposto apurado.
A cada movimento no momento da contabilização é montada uma base individual (base de cada documento) e aplicada a alíquota do PIS e COFINS movimento a movimento.

Já na apuração do PIS e COFINS o sistema totaliza a base de todos os documentos para depois aplicar a alíquota a base total, gerando então diferenças de centavos. 
Esse comportamento (somar todas as bases para aplicar a alíquota) é realizado devido o PVA do EFD Contribuições executar este mesmo cálculo;

2.2. Vamos ao exemplo:

NF 01 - Valor 1.333,33 (1.333,33 * 1,65% = 21,99)
NF 02 - Valor 2.537,38 (2.537,38 * 1,65% = 41,86)
NF 03 - Valor 3.567,31 (3.567,31 * 1,65% = 58,86)
Apuração movimento a movimento (21,99 + 41,86 + 58,86) = Total do PIS: R$: 122,71

Já na apuração do PIS e COFINS através dos impostos do tipo 41 e 42 o ERP soma todas as bases, e aplica a alíquota no final:

Somatório das bases = 1.333,33 + 2.537,38 + 3.567,31
Base Total do PIS = 7.438,02   
Alíquota aplicada a base total = 7.438,02 * 1,65% = 122,72

Apresentada a diferença de 0,01 devido a forma de cálculo.
 
Observação:
Dada as explicações acima, nada impede o cliente de realizar a contabilização via nota, porém sempre haverá essa diferença.

3. Então a sugestão mais adequada para evitar esses problemas é:
3.1. Ao invés de efetuar a contabilização do PIS e COFINS movimento a movimento e nas filiais de origem para posterior transferência, efetue a contabilização do PIS e COFINS através da apuração dos impostos do tipo 41 e 42 que já estão centralizados na Matriz.