Problema: Nosso cliente ao dar entrada em suas notas, possui fornecedores que são simples nacional, porém o sistema apresenta o seguinte erro Código da situação tributaria incompatível com origem fiscal da mercadoria, isso só acontece quando coloca na situação tributaria os cst's 101, 102, 103, 201, 202, 203, 300, 400 e 500. Porém o fornecedor esta com os parametros corretos.
Solução: Solução 3074 :A situação tributária deve ser atribuída à nota no ERP sob enfoque do cliente que esta digitando a nota, e não o fornecedor que é emissor.

Segue análise feita por nossa área de fiscal sobre esta questão:

O sistema faz a consistência analisando o cadastro da filial porque segundo o Ato Cotepe/ICMS n°09/2008 que dispõe sobre as especificações técnicas para a geração da Escrituração Fiscal Digital:

As informações referentes aos documentos deverão ser prestadas sob o enfoque do informante do arquivo, tanto no que se refere às operações de entradas ou aquisições quanto no que se refere às operações de saída ou prestações.

Exemplos (operação sob o ponto de vista do informante do arquivo):
[...]
Código da Situação Tributária - CST -> registrar, nas operações de entradas ou aquisições, os códigos de tributação indicando a modalidade de tributação própria do informante;
[...]

Ou seja, conforme o exemplo disponibilizado pela legislação a CST das entradas deve ser condizente com a modalidade de tributação da empresa que esta recebendo a mercadoria/produto, porque será ela a entregar a EFD.

O Ato Cotepe/ICMS n° 09/2008 está disponível no link: http://www.fazenda.gov.br/confaz/confaz/atos/atos_cotepe/2008/ac009_08.htm