Dúvida
Como realizar o agrupamento de Linha de calculo complementar automática, gerada através de ocorrência?

Solução
Para realizar o agrupamento de Linha de calculo complementar automática, gerada através de ocorrência. Realize os passos a seguir:

1- Acesse as notas fiscais em questão, através do menu Exibir / Nota Fiscal / Nota Fiscal. Clique no ícone em destaque para acessar as ocorrências:

2.Acesse a ocorrência que criou a linha, nesse exemplo utilizaremos a de REENTREGA .Irá acessar a ocorrência de acordo com o que possui configurada;
2.1.Clique para excluir;
Realize o mesmo processo para todas as NFS:

3.Acesse o menu: Exibir / Apoio / Transportadora / Autorização de complemento
Busque pela autorização de complemento que deseja, nesse caso o de Reentrega, retire o flegue de OCORRÊNCIA e salve:

Ficando conforme abaixo, somente como campo: momento p/criação de linha de calculo flegado:

4.Após esse procedimento, recrie a ocorrência para cada Nota Fiscal. Dessa forma, as linhas de cálculo referentes à reentrega ficarão agrupadas em uma única linha de cálculo.
Em seguida, realize a integração do CT-e normalmente.

Ficará agrupada conforme exemplo abaixo, ambas NFS ficaram em uma única linha que nesse caso seria de reentrega: