Incidente
Ao integrar CT-e na versão 4.0 na rotina de Recebimento Eletrônico (tela F000INE_SRNF - Suprimentos / Gestão de Recebimento / Notas Fiscais de Entrada / Via Recebimento de Documento Eletrônico) alguns dados estão faltantes nas tabelas de registros dos CT-e (E000NFC e tabelas filhas), fazendo com que os CT-e não sejam apresentados para processamento na tela.

Causa

A situação reportada ocorre porque está sendo utilizada uma versão do Gestão Empresarial | ERP que não é compatível com versão 4.0 do CT-e.
Com isso, o sistema não interpreta corretamente o XML e acaba não colocando as informações adequadamente nas devidas tabelas.

Observação

Isso só ocorre porque foi atualizado o eDocs para serem recebidos esses XMLs, mas o Gestão Empresarial | ERP não foi atualizado.

Solução
Para que essa situação não ocorra para novos CT-es, é necessário que seja realizada a atualização do Gestão Empresarial | ERP para versão 5.10.2.102 ou 5.10.3.11 ou superior, onde já temos tratativas para CT-e 4.0. Não há possibilidade de liberação de BPLs/arquivos especiais para essa tratativa, pois as versões tem mudanças estruturais das rotinas e TBS. 

Com relação aos CT-es já integrados na base de dados com essas informações divergentes, segue processo que poderá ser utilizado antes da atualização da versão:
 

 
1. Efetue a exclusão dos registros inconsistentes da base de dados;

1.1. Seguem os comandos Delete que foram coletados através do uso do botão Excluir da tela F000INE_SRNF - Suprimentos / Gestão de Recebimento / Notas Fiscais de Entrada / Via Recebimento de Documento Eletrônico com uso do SQLMon para um CT-e que é exibido na tela:
 
DELETE FROM E000NRF WHERE CGCFIL = 0  AND CGCFOR = 0  AND CHVNEL = 'CHAVE DO CT-E';
DELETE FROM E000LRE WHERE CGCFIL = 0  AND CGCFOR = 0  AND CHVNEL = 'CHAVE DO CT-E';
DELETE FROM E000LNS WHERE CGCFIL = 0  AND CGCFOR = 0  AND CHVNEL = 'CHAVE DO CT-E';
DELETE FROM E000LNP WHERE CGCFIL = 0  AND CGCFOR = 0  AND CHVNEL = 'CHAVE DO CT-E';
DELETE FROM E000EXF WHERE CGCFIL = 0  AND CGCFOR = 0  AND CHVNEL = 'CHAVE DO CT-E';
DELETE FROM E000DLS WHERE CGCFIL = 0  AND CGCFOR = 0  AND CHVNEL = 'CHAVE DO CT-E';
DELETE FROM E000PAR WHERE CGCFIL = 0  AND CGCFOR = 0  AND CHVNEL = 'CHAVE DO CT-E';
DELETE FROM E000PCD WHERE CGCFIL = 0  AND CGCFOR = 0  AND CHVNEL = 'CHAVE DO CT-E';
DELETE FROM E000IPC WHERE CGCFIL = 0  AND CGCFOR = 0  AND CHVNEL = 'CHAVE DO CT-E';
DELETE FROM E000ISC WHERE CGCFIL = 0  AND CGCFOR = 0  AND CHVNEL = 'CHAVE DO CT-E';
DELETE FROM E000NFC WHERE CGCFIL = 0  AND CGCFOR = 0  AND CHVNEL = 'CHAVE DO CT-E';
DELETE FROM E000LRE WHERE CGCFIL = 0  AND CGCFOR = 0  AND CHVNEL = 'CHAVE DO CT-E';

Importante
Note que os comandos indicam a chave do documento eletrônico, sendo necessário repetir esse comando para cada chave do CT-e.
A sequencia de deleção deve ser exatamente a descrita acima, para que primeiro as tabelas filhas sejam deletadas e depois as tabelas pai.
Nem toda tabela pode conter registros do CT-e (até porque o sistema não conseguiu interpretar o CT-e corretamente).

2. Após a exclusão dos registros, acesse o menu CT-e / Recebimentos do Monitor do eDocs;

2.1. Selecione os registros que você deseja reenviar ao Gestão Empresarial | ERP e acione o botão Reenviar Retorno;

3. De forma emergencial, caso você não possa efetuar a atualização do Gestão Empresarial | ERP e precise integrar o CT-e no Gestão Empresarial | ERP em versão desatualizada, siga os passos abaixo:

3.1. Abra cada um dos XMLs dos CT-es 4.0 e edite todas as tags que indicariam a versão como sendo 4.0, colocando a a versão 3.0;
 

Importante

Caso você necessite de apoio para execução deste processo, verifique internamente na sua empresa um profissional que tenha conhecimento em XML e edição do mesmo.

3.2. Com cada XML editado, execute o processo de retorno manual para Gestão Empresarial | ERP através do MCDebug. Clique aqui para acessar a documentação deste processo.

Importante
Não há garantia de que esse processo de retorno manual irá funcionar para todos os CT-es, porque podem ter mais divergências entre as versões 3.0 e 4.0 do que apenas essas tags.
Se houver outros problemas, você poderá avaliar e diante de algum cenário que não possa ser tratado na versão desatualizada do sistema, você poderá contornar essa situação efetuando o lançamento manual do CT-e através da tela F440GNE_SRNF - Suprimentos / Gestão de Recebimento / Notas Fiscais de Entrada / Agrupada.

4. Você também pode dar entrada manualmente nos CT-es de forma emergencial através da tela F440GNE_SRNF - Suprimentos / Gestão de Recebimento / Notas Fiscais de Entrada / Agrupada enquanto que a atualização do sistema não seja realizada.

Atenção! Antes de realizar qualquer alteração, analise o impacto que poderá ter em outros lançamentos/processos do sistema.