Incidente
No módulo EXP, rotina Emissão de Conhecimentos via EDI, Notas Fiscais com o mesmo número de Liberação de Carregamento não são agrupadas no mesmo CT-e.
 

Causa
Este incidente ocorre pois, ao gerar o lote de CT-e o parâmetro 'Ordenar Notas por' não está corretamente configurado.
 

Solução
Para que o incidente não ocorra, execute os passos a seguir:

1. No módulo EXP, acesse Movimentações / EDI / Emissão / Conhecimentos;
1.1. Selecione o Lote de NF-e desejado e inicie o processo de criação do Lote;
1.2. Marque o parâmetro 'Por Número de Liberação de Carregamento';
1.3. No campo Ordenar Notas por, selecione a opção 'N° Liberação':

2. Posterior à isso siga com a geração do lote de Conhecimento.

Atenção! Antes de realizar qualquer alteração, analise o impacto que poderá ter em outros lançamentos/processos do sistema.