SEVERE|glassfish3.1.2|org.eclipse.persistence.session.file:/C:/glassfish3/glassfish/domains/domain1/applications/ejb-timer-service-app/WEB-INF/classes/___EJB__Timer__App.ejb|_ThreadID=1;_ThreadName=Thread-2;|Local Exception Stack: 

Exception [EclipseLink-4002] (Eclipse Persistence Services - 2.3.2.v20111125-r10461): org.eclipse.persistence.exceptions.DatabaseException

Internal Exception: java.sql.SQLException: Error in allocating a connection. Cause: Connection could not be allocated because: Failed to start database 'C:\glassfish3\glassfish\domains\domain1/lib/databases/ejbtimer' with class loader java.net.URLClassLoader@594001dc, see the next exception for details.

Error Code: 0

at org.eclipse.persistence.exceptions.DatabaseException.sqlException(DatabaseException.java:309)

at org.eclipse.persistence.sessions.JNDIConnector.connect(JNDIConnector.java:135)

at org.eclipse.persistence.sessions.DatasourceLogin.connectToDatasource(DatasourceLogin.java:162)

at org.eclipse.persistence.internal.sessions.DatabaseSessionImpl.loginAndDetectDatasource(DatabaseSessionImpl.java:584)

ATENÇÃO, ESTA SOLUÇÃO NÃO SE APLICA À CSM CENTER

Conforme o log, o glassfish não consegue iniciar o banco de dados de timers, que está localizado em '../glassfish/domains/*Dominio*/lib/databases/ejbtimer'. 

Para solucionar o problema:

Parar o Glassfish; 

Renomear a pasta "ejbtimer" que está em '../glassfish/domains/domain1/lib/databases/' 

Iniciar o glassfish.

Depois do domínio iniciar com sucesso, fazer o deploy novamente.