Após reiniciar o glassfish é identificado que os webservices não estão mais aparecendo no deploy. O mesmo pode acontecer para as demais aplicações instaladas no Glassfish.

Adicionar a chave -Dhk2.parser.timeout=300 nas opções da JVM, conforme indicado na  documentação Senior:
https://documentacao.senior.com.br/tecnologia/6.2.35/index.htm#informacoes-tecnicas/java/glassfish/configuracao-do-glassfish.htm