Incidente
No módulo EXP, rotina Emissão de Conhecimentos, ao gerar um CT-e é retornada a mensagem: Rejeição 539: Duplicidade de CT-e com diferença na chave de acesso.
 

Causa
Esta mensagem é retornada quando ocorre um envio de Autorização para um CT-e que já possui tal status junto à SEFAZ. O mesmo caso ocorre para o envio de Cancelamento.
 

Solução
Para que a mensagem não seja apresentada acesse a sua mensageria (eDocs, NDD, TN3, etc), filtre o CT-e em questão, consulte e atualize o status do mesmo conforme a SEFAZ e envie o retorno ao TMS.
 

Atenção! Antes de realizar qualquer alteração, analise o impacto que poderá ter em outros lançamentos/processos do sistema.