Incidente
No módulo Nota Fiscal Eletrônica, ao tentar cancelar uma NF-e é apresentada a mensagem:           Rejeição: Pedido de Cancelamento para NF-e com CT-e ou MDF-e.

Causa
Este incidente ocorre, pois uma vez emitido CT-e vinculando a uma Nota Fiscal Eletrônica não é possível cancelar esta Nota Fiscal. 

Solução
Por conceito para que a NF-e possa ser Cancelada, o emitente do CT-e ou MDF-e deve Cancelar o seu documento Fiscal que está referenciando esta Nota Fiscal. A partir do momento que o CT-e ou MDF-e forem cancelados, a NF-e poderá também ser cancelada no ERP.

A consulta do vínculo com CTe ou MDF-e pode ser realizada direto no Portal da Nota Fiscal Eletrônica: 

www.nfe.fazenda.gov.br/portal/consulta