Incidente
Na digitação de um Manifesto, ao vincular um CT-e e uma NF-e, levou apenas o CT-e no XML do MDF-e. O que fazer?
 
Causa
Esta situação ocorre, pois entre um CT-e e uma NF-e, o sistema priorizará a inclusão do CT-e no MDF-e.
 
Solução
No manual do MDF-e 3.0 é permitido que o emissor vincule diferentes documentos (CT-e ou NF-e), porém quando se trata da inclusão de ambos documentos no mesmo Manifesto, o sistema sempre priorizará o CT-e, que é um globalizador de Notas Fiscais. Já quando o emitente vincular apenas a NF-e no Manifesto, será emitido sem ocorrências.
Portanto, quando se tratar de uma situação semelhante, é necessário que todas as Notas Fiscais estejam vinculadas em um (ou mais) CT-e, para que somente o(s) Conhecimento seja vinculado ao MDF-e.